从解剖学看，如果射精管或尿道没有什么问题的话，不会产生射精疼的感觉，如果在狭窄处，因为尿道有三个狭窄处，一个是在前列腺的出口，一个是在龟头内的部位，如果有外伤，造成了阴茎的结节，会压迫射精管，排精的时候也会产生疼痛的刺激。本身与精子的量多少没有直接的关系，本身来讲，射精疼痛如果是在龟头上，那就是局部性的问题，如果呈反射性的疼痛，那不外乎几大器官，一个是前列腺，一个是精囊腺，一个是睾丸，一个是附睾。
人的兴奋阈值积累到一定时候以后，出现一种射精反应，造成了血管也好，造成了平滑肌也好，高度的痉挛，像这种状态会造成前列腺的压力特别大，精囊腺的压力特别大，而且睾丸的提睾肌也处于紧张的状态，精囊腺射精的时候，当时的压力恐怕是在13点多，压力特别大，在这种情况下，如果本身有炎症，肯定会引起疼痛的加剧，甚至会引起对性生活的恐惧症。
另外，泌尿系感染的疾患，由于治疗的时间没有把握住，延缓了治疗的机遇，造成了慢性泌尿道或射精管的斑痕，形成了慢性的炎症，出现这种情况的时候，在射精的时候也会产生疼痛。
女性存在阴道炎或宫颈糜烂，本身的外生殖器是不是有炎症，如果有炎症的话，也会造成男性自身的交叉感染，使您出现龟头炎，或者是包皮炎等等。龟头的慢性炎症，轻度的红肿、上皮细胞的充血，女同志的PH值是5.2，是偏酸性的，这种酸性也会造成射精时龟头的疼痛。
