引发射精疼痛的原因有很多，其中最常见的原因是男性泌尿生殖系统发生了感染，如出现了前列腺炎、精囊炎、尿道炎等。当人体发生上述炎症时，其泌尿生殖器官便处于充血状态。如果男性的生殖器官长期处于充血状态，那么在外界环境的轻微刺激下(如兴奋、疼痛、劳累等)，就会引起其前列腺、精囊、后尿道等生殖器官的平滑肌以及盆底肌群出现痉挛性收缩，这就是引发射精疼痛的根本原因。因此，要治疗由泌尿生殖系统炎症所引起的射精疼就要进行消炎。只要消除了泌尿系统的炎症，射精疼就会自然消失。
另外，过频的性生活也是导致患者射精疼的一个主要原因。性交过频的男性其前列腺会一直处于充血状态，因而可出现射精疼。除此以外，其他可能导致射精疼痛的原因还有：患者的尿道内有结石、其尿道出现了炎症性狭窄、其生殖器官内有肿瘤等。但上述提到的情况较少见。
