临床表现差异较大，少数为急性病程，多数为隐匿起病。
1.典型表现 ①吸入性肺炎：均有原发病和误吸病史，起病急骤，突然畏寒高热，体温达39℃以上，伴咳嗽、咳黏液或黏液脓痰，咳恶臭痰虽为厌氧菌感染的特征，但文献报道本病咳恶臭痰仅占37.8%。因此，脓痰不臭亦不能排除厌氧菌感染的可能性。炎症累及胸膜可引起胸痛，随着病变范围扩大，出现进行性呼吸困难。中毒症状严重者可伴有恶心、呕吐、腹胀和腹泻。体征：病变较小者，可无异常体征。病变范围大，可有发绀、鼻翼扇动和呼吸困难。肺部听诊呈浊音或实音，听诊呼吸音减低，有时可闻及啰音。②坏死性肺炎：本病特点是形成许多直径在2cm以下的脓肿和坏死，严重者迅速蔓延使肺实质产生大片坏死和脱落，甚至形成肺脓肿。约75%患者有误吸病史，患者病情较重，体温高达40℃，咳嗽剧烈，咳痰量多，61%患者咳恶臭痰。肺脓肿时，咳出大量脓臭痰，每天可达数百毫升。患者有气急、发绀。肺部检查多数听诊呈浊音，呼吸音减弱，病死率较高。慢性肺脓肿患者有慢性咳嗽、咳脓痰、反复咯血，常呈贫血、消瘦等慢性消耗状态。体检时可见患侧胸部略塌陷，叩诊呈浊音，呼吸音减低。血行播散性肺脓肿多先有原发病灶引起的畏寒、高热等全身脓毒血症的症状。经数天至2周后才出现肺部症状，如咳嗽、咳痰等，通常痰量不多，极少咯血，体征大多阴性。③脓胸：起病缓慢，常于发病1周至几周后症状才明显。热度较高，可达40℃，热期较长。半数病例体重明显下降。如系肺脓肿继发，咳嗽明显，咳大量脓痰。如系膈下脓肿直接蔓延，干咳、胸痛明显。脓胸的分泌物为脓性、恶臭、黏稠，形成许多小脓腔，较难吸出。
2.非典型表现 起病隐匿，症状多不典型，常无发热、咳嗽、咳痰、胸痛症状。较常见的症状有：呼吸频率增加、呼吸急促以及周身不适、体重减轻、食欲减退、倦怠、急性意识模糊、精神萎靡等全身中毒症状。也可出现基础疾病的突然恶化，或疾病恢复缓慢，例如：心衰在治疗中复发或加重。少数病人以胃肠道症状较为突出，常表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻、厌食、消化不良等，与呼吸道症状伴随发生。体征：典型实变体征少，半数患者在肺部听不到啰音，1/4患者肺部无异常听诊。即使听到啰音，也易与慢支炎、心力衰竭相混淆。
老年人因厌氧菌所致的肺部感染有如下特征：①大多具有原发疾病和诱发因素;②病程可呈急性或慢性经过;③痰液和胸腔积液具有恶臭味;④感染病灶带有坏死倾向;⑤起病隐匿，症状不典型;⑥标本直接涂片可见大量细菌而普通细菌培养却阴性;⑦并发症多，病死率高。
厌氧菌感染的诊断依据主要为细菌学检查。在缺乏厌氧培养和其他检查条件或检查获得之前，肺部感染发生在下列情况或伴有下列情况，常提示厌氧菌感染或合并厌氧菌感染。①有误吸病史;②长期应用针对需氧菌的抗生素(如氨基甙类)，而疗效又不显著者;③在肺癌、支气管扩张、温和的肺梗死以及开放性胸外伤等有组织坏死基础发生的感染;④伴有或继发于口腔、腹腔和妇科感染;⑤脓毒性血症或多发性迁徙性脓肿;⑥肺脓肿空洞或胸腔中可见液气平面;⑦痰液或脓液有腐败性恶臭味或呈黑色，在紫外光下呈红色荧光。
下列各点可能为厌氧菌感染的细菌线索：①常规培养阴性的无菌脓液和穿刺液，涂片革兰染色大量形态一致的细菌;②培养物产气且有腐败的恶臭;③在硫乙醇酸钠液体或琼脂深处的厌氧带有菌落生长;④在含100µg/ml卡那霉素或新霉素的培养基中能生长;⑤产黑色素拟杆菌的幼小菌落经紫外光照射可有红色荧光。厌氧菌肺部感染的临床表现不具有鉴别意义的特征。
