胸腺囊肿的临床症状取决于囊肿的位置。颈部胸腺囊肿多见于10～20岁的患者，常表现为颈部肿块，很少有临床症状，除非囊肿的体积发生剧烈变化，如囊内出血。纵隔内胸腺囊肿则多为30～60岁，早期也很少出现临床症状。少数纵隔内胸腺囊肿病人可以出现气短、咳嗽和胸部疼痛。在体检时通过X线胸片发现。90%的患者表现为无痛性包块，包块多位于左颈部（占70%），右侧（占23%），中线和咽喉部占7%。部分患者因囊肿感染或出血可触及波动感。纵隔内胸腺囊肿少数在心脏手术时才发现。