5-HT是一种吲哚胺，5-HT能神经元在脑内主要集中在位于脑干正中线的中缝核群内，其纤维向上至大脑皮层、纹状体、血脑和下丘脑等，下行至脊髓灰质的胶质区、侧角和前角。5-HT的合成是色氨酸在色氨酸羟化酶作用下生成5-羟色氨酸(5-HTP)，又在5-羟色胺酸脱羧酶催化下脱去羧基生成5-HT。在单胺氧化酶作用下，5-HT降解为5-羟吲哚醋酸(5-hy-droxyindole acetic acid，5-HIAA)。
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正常值
标本采集后立即测定或贮存于冰箱冰冻，不超过1周。CSF中5-HIAA含量在儿童时随年龄增长而降低，随后又升高；有昼夜节律性变化，夜间高；女性高；避免各种可能有影响的药物。
临床意义忧郁型精神病、肌阵挛、Down综合征、微小脑功能障碍、苯酮尿症所致的精神发育迟滞患者CSF中5-HIAA含量也减少，癫痫5-HT与5-HIAA含量均下降；颅部外伤，化脓性脑膜炎、蛛网膜下腔出血等患者CSF、中5-HIAA浓度增高，脑出血等5-HT升高。
