临床症状主要包括上腹痛、腹胀、早饱、嗳气、厌食、烧心、反酸、恶心和呕吐。病程多在2年内，症状可反复发作，也可在相当一段时间内无症状。可以某一症状为主，也可有多个症状的叠加。多数难以明确引起或加重病情的诱因。

　　1989年，美国芝加哥专题会议将功能性消化不良分为5个亚型：

　　①反流样消化不良（reflux-like dyspcpsia）；

　　②运动障碍样消化不良（dysmotility-like dyspepsia）；

　　③溃疡样消化不良（ulcer-like dyspepsia）；

　　④吞气症（aerophagia）；

　　⑤特发性消化不良（idiopathic dyspepsia）。

　　但后面的两型概念比较模糊，有的学者提出分成3型（即前3型）。但目前采用较多的是4型分类：①运动障碍样型；②反流样型；③溃疡样型；④非特异型。

　　1.运动障碍样消化不良 此型患者的表现以腹胀、早饱、嗳气为主。症状多在进食后加重。过饱时会出现腹痛、恶心，甚至呕吐。动力学检查约50%～60%患者存在胃近端和远端收缩和舒张障碍。

　　2.反流样消化不良 突出的表现是胸骨后痛，烧心，反流。内镜检查未发现食管炎，但24h pH监测可发现部分患者有胃食管酸反流。对于无酸反流者出现此类症状，认为与食管对酸敏感性增加有关。

　　3.溃疡样消化不良 主要表现与十二指肠溃疡特点相同，夜间痛，饥饿痛，进食或服抗酸药能缓解，可伴有反酸，少数患者伴烧心，症状呈慢性周期性。内镜检查未发现溃疡和糜烂性炎症。

　　4.非特异型消化不良 消化不良表现不能归入上述类型者，常合并肠易激综合征。

　　但是，除了反流样消化不良，其他几种分类并无重要的临床意义。许多病人并不止归入一个亚型；而且这种分类与病理生理学紊乱和临床疗效无关。例如：动力障碍亚型的消化不良病人，胃轻瘫的发生率并不比其他亚型高；促动力药对他们的疗效也并不一定好于其他亚型病人。然而，反流亚型的消化不良病人胃食管反流的发生率，确实要高于其他亚型病人，且抗反流治疗效果更好。