全身性疾病、营养性疾病、遗传性疾病或产品可以引起种种甲的改变。
如甲色泽的改变(变白、变暗、色素沉着、淡蓝色、黄色等)，甲外形的改变(有横沟、发育不良、甲板过厚或过薄、过大或过小、变脆或与甲床剥离等)，这些改变有时误为灰指甲，但是这些甲病有一个共同的特点，即全部指(趾)甲都发生病变，而且同步进行，就是说上述内因对甲的影响是同时发生的。
而灰指甲是由外因引起，真菌对甲板的感染是陆续传染的，有时见到的多个甲发生癣症，但却先后出现，并仍可能有一些指甲完全正常，这在内因性甲病中是见不到的。
皮肤病引起的甲病变。如银屑病、皮炎湿疹、扁平苔藓等也可引起甲板增厚、变形、有凹点或纵嵴等，这些疾病一般同时有相应的皮肤病症可协助诊断。
灰指甲的鉴别诊断：细菌感染。绿脓杆菌感染可绿甲而类似青霉菌等霉菌感染。细菌性甲沟炎及其甲病变可与念珠菌引起者相似，但前者均有明显的红肿热痛等急性炎症，并可出现脓液，这是后者没有的。
所有上述三类甲病中都找不到真菌，而甲癣中能找到真菌。不是真菌引起的甲病使用抗真菌药治疗，一般无效，有的还会更严重。
