1.早期尿道旁腺癌应与尿道肉阜区别，对有怀疑恶变的尿道肉阜，均应做活检以明确诊断。
2.中、晚期的尿道旁腺癌应排除原发病灶是否来自前庭，但前者为腺癌，后者为鳞状细胞癌。
尿道旁腺癌根据临床表现的症状和体征可初步做出诊断;经行尿道口肿物活检为腺癌时可确诊。病人从出现症状到确诊的时间可能数天，也可能长达数年，一般为3～12 个月，少数情况下，患者可无任何症状，她们往往为检查其他疾病而偶然发现患有尿道癌。
中下段尿道癌可能通过视诊或触诊检查而发现。病变可能呈鲜红色乳头状赘生物突向尿道腔及尿道口，此时易误诊为尿道肉阜，其误诊率约为8%。尿道 新生物还应与急慢性炎症引起的尿道黏膜脱垂、憩室等病变相鉴别。尿道癌可以通过阴道触诊发现病变，阴道检查可触到尿道变粗、变硬及条索状肿块。阴道检查可 了解病变大小、质地、活动度等，阴道双合诊检查可了解有无膀胱及盆腔转移。当病变侵犯至阴道壁时，很难判断原发灶来自尿道、还是来自阴道本身。
膀胱尿道镜检及活体组织检查是诊断尿道癌的主要方法。有些病变几乎不向尿道内生长，膀胱尿道镜检查可能漏诊，此时可以经阴道用手指将病变向尿道 方向推移，将能更好地暴露和观察病变。确诊尿道癌需要活体组织病理学诊断。活检最好经尿道取材，少数情况下可经阴道针吸取材。可以取晨尿或用尿道拭子或刮 匙伸入尿道取脱落细胞进行细胞学检查。确诊后还需进一步全面检查，了解病变范围，排除癌转移，明确临床分期。
实验室检查：尿常规检查、分泌物检查、肿瘤标志物检查、聚合酶链反应检测。
其他辅助检查：组织病理学检查。
