由于咳嗽是许多疾病的一种非特异性症状，临床上进行确诊时必须详细询问病史、全面查体、做胸部X线或CT、气道反应性测定、肺功能、心电图、纤维支气管镜及一些特殊检查以排除一些可以引起慢性、顽固性咳嗽的其它疾病。
许多疾病伴有咳嗽症状，需要与咳嗽变异性哮喘鉴别的疾病包括COPD、慢性支气管炎、胃食道返流诱发的咳嗽、反复呼吸道感染(recurrent respiratory tract infections，RRTI)、典型哮喘、后鼻孔滴漏综合症(PNDS)、支气管内膜结核和血管紧张素转换酶抑制剂诱发的咳嗽等，这些疾病是慢性咳嗽常见病因，在诊断咳嗽变异性哮喘时需要仔细排除这些疾病。此外，慢性心功能不全、食道裂孔疝、高血压病，气道炎症、肿物、异物、以及烟雾刺激、焦虑等都可导致慢性咳嗽。
