①慢性细菌性痢疾：
常有急性菌痢病史，粪便培养可分离出痢疾杆菌，结肠镜检查时取粘液脓性分泌物培养的阳性率较高，抗菌药物治疗有效。
②慢性阿米巴痢疾：
病变主要侵犯右侧结肠，也可以累及左侧结肠，结肠溃疡较深，边缘潜行，溃疡间的粘膜多属正常。粪便检查可找到溶组织内阿米巴滋养体或包囊，通过结肠镜取溃疡渗出物作肠检更易找到阿米巴滋养体。抗阿米巴治疗有效。
③结肠癌：
多见于中年以上，常经直肠指检查可触及肿块，结肠镜与X线钡剂灌肠检查对鉴别诊断有价值，须注意与溃疡性结肠炎引起的结肠癌变区别。
④血吸虫病：
有疫水接触史，常有肝脾肿大，粪便检查可发现血吸虫卵，孵化毛蚴阳性，直肠镜检查在急性期可见粘膜黄褐色颗粒，活检粘膜压片或组织病理检查发现血吸虫卵。
⑤肠易激综合症：
伴有全身神经官能症，粪便有粘液但无脓血，显微镜检仅见少数白细胞，结肠镜检查无器质性病变证据。
⑥其他：
肠结核、缺血性结肠炎、伪膜性肠炎、难辨梭菌性肠炎、放射性肠炎、结肠息肉病、结肠憩室炎等应和本病相鉴别。
