鉴别诊断：
引起腹泻的病因比较复杂，有细菌、病毒、寄生虫等，某些化学药品亦可导致腹泻。大肠埃希杆菌肠炎应注意与下列疾病鉴别。
1.细菌性痢疾 由志贺菌属引起，腹泻以脓血或黏液状便较常见，量少，并常有里急后重，多有寒热。粪便镜检可发现大量脓细胞红细胞和吞噬细胞。婴幼儿中毒型菌痢或非典型菌痢应以病原学诊断来鉴别。
2.霍乱弧菌 引起感染后先发生剧烈的腹泻而后呕吐，很少恶心，呕吐物及腹泻大便呈米泔水样，量多，无里急后重，少数患者有少量血便。脱水重者常引起肌肉痛性痉挛，皮肤皱瘪，体表温度低于正常镜检可发现运动极活泼的弧菌应进一步作细菌培养鉴别火罐网。
3.副溶血弧菌性食物中毒 由副溶血性弧菌引起主要因进食被该细菌污染的食物(多与海产品有关)，起病急骤先以畏寒、阵发性腹痛(上腹部绞痛)开始相继呕吐腹泻，多呈水样便或血水样便，多为同餐者先后发病，应进行细菌培养鉴别。
4.沙门菌食物中毒 进食被鼠伤寒沙门菌污染食物引起。起病急，常伴有寒热、腹痛、气胀、恶心、呕吐、腹泻，呈水样便并有恶臭，早期出现菌血症，多有同餐者集体发病。依靠病原学、血清学诊断鉴别。
5.病毒性腹泻 由肠道病毒感染引起的腹泻，其特点是高度传染性轮状病毒小圆病毒等感染早期有呕吐，相继腹泻，多呈水样便并有黏液，多发生在秋冬季其他病毒性腹泻多见于夏秋季，有恶心呕吐，除消化道症状外常有呼吸道症状咽炎，并发轻瘫常累及颈肌、背肌。周岁内小儿多见有绿色水样便或蛋花样水便。抗生素治疗一般无效，病程多在5～7天自愈用血清学及病毒分离进一步鉴别。
6.空肠弯曲菌性肠炎 空肠弯曲菌引起轻症与病毒性肠炎相似，重症与溃疡性结肠炎或克罗恩病相似。有发热，腹泻水样或黏液样便有恶臭，呈胆汁色重症有脓血便，似菌痢多在1周恢复火罐网。儿童患者常有腹绞痛，高热时可发生惊厥。发病多与接触家禽、家畜或饮用未消毒牛奶、生水有关暗视野镜检可发现射箭样活泼动力的弯曲菌，细菌培养进一步诊断。
7.耶尔森菌肠炎 多见于儿童发病，与食物、水污染有关。腹痛、腹泻低热、呈水样便，可有败血症，可并发结节性红斑假性阑尾炎、关节炎。细菌培养可进一步鉴别鶒。
8.其他 应注意与贾第鞭毛虫、阿米巴痢疾引起的腹泻鉴别粪便镜检可发现阿米巴原虫或贾第鞭毛虫。
