临床鉴别要点是病期的长短、粪便检出寄生虫、钡灌肠所见病变形态和范围等。其中最可靠的仍是通过结肠镜取活组织检查。
1.特发性溃疡性结肠炎 占误诊病例的15%。结肠癌，尤其是左半结肠乳头状癌或菜花状癌，病情发展到一定程度时，常可出现腹泻、黏液便、脓血便、大便次数增多、腹胀、腹痛、消瘦、贫血等症状，伴有感染者尚可有发热等中毒症状，这些都与特发性溃疡性结肠炎的症状相似。X线检查时，两者也有相类似之处。故而在临床上很容易引起误诊，特别是对于青年病人，更少想到肿瘤的存在。
2.阑尾炎 占误诊病例的10%左右。回盲部癌常因局部疼痛和压痛而诊断为阑尾炎。特别是晚期回盲部癌，局部常发生坏死溃烂和感染，临床表现有体温升高，白细胞计数增高，局部压痛或触及肿块，常诊断为阑尾脓肿，而采取保守治疗。经过一段时间治疗，肿块不见缩小，甚至增大，才考虑到肿瘤。一般阑尾脓肿认真询问病史都有急性发病过程，有炎症表现，在短期治疗观察后常可明显好转。如癌肿与阑尾炎并存或因癌肿致阑尾阻塞致阑尾炎，虽治疗有所好转，但不会彻底，停药后继续加重须进一步检查诊断。在高度怀疑时应及时手术探查。
3.肠结核 肠结核在我国比较常见，其好发部位在回肠末端、盲肠及升结肠。临床最常见的症状有腹痛、腹块、腹泻、便秘交替出现，这在结肠癌病人中亦较多见。特别是增殖性肠结核与结肠癌有很多相似之处，如低热、贫血、消瘦、乏力，局部可以扪到肿块等。但肠结核的全身症状更明显，表现为午后低热或不规则发热、盗汗、消瘦乏力。故当临床上出现这些症状时，尤其是以腹泻为首诊症状时，临床上常易从常见病、多发病角度考虑，首先想到结核病。大约有1%的病人在术前将结肠癌误诊为肠结核。检查血象却有特殊改变，血沉快，结核菌素试验呈强阳性。结合病史、年龄及全身表现一般可明确诊断。
4.结肠息肉 结肠息肉是常见的良性肿瘤，大多发生在乙状结肠，其主要症状是便血，血为鲜血，不与粪便混淆，有些病人还可有脓血样便。X线检查均表现为充盈缺损。如不做纤维结肠镜活检病理检查，则可将息肉样结肠癌误诊为结肠息肉。腺瘤和息肉是最常见的结肠良性肿瘤和瘤样病变，二者在组织学上有明显区别：腺瘤可以发生癌变，息肉多不转变为癌。二者均可单发或多发。在X线气钡双重造影检查时，呈边缘光滑锐利的圆形或椭圆形充盈缺损，在肠腔内，若有蒂可上下移动，结肠轮廓多无改变，腺瘤或息肉周边如附近有少量钡剂时可形成一环状阴影，与气体形成鲜明对比。行纤维结肠镜检查并取活组织送病理检查，则是最有效的鉴别方法。
5.血吸虫病肉芽肿 多见于流行区，在我国南方多见，解放后随血吸虫防治工作的开展，目前已少见。肠血吸虫病是血吸虫卵在肠黏膜下沉积，早期引起较大的慢性炎症性肉芽肿。后期结肠纤维组织增生，与周围组织粘连形成炎性肿块，结肠黏膜不断形成溃疡和瘢痕。由于溃疡修复组织增生，可形成息肉样增生。少数病例可癌变，在流行区结肠癌亦有肠血吸虫病者均占48.3%～73.9%，说明血吸虫病与结肠癌有密切关系。所以在流行区或曾在流行区居住过的肠血吸虫病患者，既往已明确诊断，更有必要排在无相伴的结肠癌或本身的癌变。除行X线和纤维结肠镜检查及活检外，结合血吸虫感染病史，粪便中虫卵检查，均有助于结肠癌和血吸虫病所致的肠道癌变的鉴别。
6.阿米巴肉芽肿 在阿米巴肉芽肿形成时据其所在结肠的部位，于腹部的相应处可扪及肿块或有肠梗阻症状。行粪便检查时可找到阿米巴滋养体及包囊，X线检查30%～40%的患者可有阳性发现，黏膜上有息肉增生。阿米巴肉芽肿为多发，常在肠管上产生巨大的单侧性边缘缺损或圆形切迹。
