1.肩关节结核需与肩周炎进行鉴别诊断：
肩关节结核分为滑膜型及骨型结核，单纯滑膜型结核非常少见。右肩关节结核较左侧多见。骨型关节结核，又可分为菌型及干型两种，按病型不同，症状亦异。其病程进展较缓慢，逐渐现出症状。常以疼痛，功能障碍为初发症状。疼痛常出现在三角肌下方，当外展及外旋时痛甚。三角肌部位肿胀最为明显。窦道形成为晚期表现，常于关节囊最弱部位穿破，即易于腋窝或三角肌前缘附近穿破。骨萎缩为初期肩关节结核X 线征像，尤其是滑膜型结核的骨萎缩可持续相当长时间。肩关节结核以全关节结核最多见。单纯骨结核很少会造成骨关节运动障碍或只有轻度受限。
肩周炎亦称肩关节周围炎，多发生在50 岁以后，主要临床特征为肩臂疼痛，活动受限，是肩关节周围肌肉、肌腱、韧带和滑囊等软组织的慢性无菌性炎症。X 线表现主要是：肩关节骨质疏松，大结节或与肩峰端相对的部分发生囊性变、增生硬化，周围软组织钙化。
早期肩关节结核与肩周炎无论从临床表现还是X 线表现上均无特征性，容易混淆。
2.本病应与梅毒性骨软骨炎、急性化脓性关节炎、类风湿性关节炎、夏科氏关节(Charcots joint)、冻结肩、钙化性肩袖炎等鉴别。
