据病变特点及病理改变，恶性肉芽肿可归纳为两类，需要相互鉴别。
1、类肿瘤型 病变多起于鼻部，亦有首发于上腭、咽部，然后累及鼻部。病变主要位于面中线部位及上呼吸道，以进行性肉芽性溃疡坏死为主，其破坏性甚为广泛，可侵及骨和软骨，以致毁容。晚期病人多死于大出血或衰竭，尸检材料中无动脉周围炎现象。本病病理变化差异性较大，主要见于以下4种类型：
(1)非特异性炎性肉芽组织含多种形态的炎性细胞;
(2)非特异性炎性肉芽组织含有大量组织细胞;
(3)非特异性炎性肉芽组织有明显坏死;
(4)非特异性炎性肉芽组织含许多巨细胞。上述4种类型，多呈混合存在，且常以淋巴细胞为主，混有相当多的浆细胞和数量不一的组织细胞。这些细胞有明显的以血管为中心，围绕血管而浸润的倾向。虽然这些细胞中有中等度的异型性，但仍不能诊断为恶性肿瘤。Wegener肉芽肿的病理变化虽然也是非特异性肉芽肿，但其特征是有多核巨细胞和坏死性血管炎，这是恶性肉芽肿与Wegener肉芽肿的病理变化虽然也是非特异性肉芽肿，但其特征是有多核巨细胞和坏死性血管炎，这是恶性肉芽肿与Wegener肉芽肿的鉴别诊断标准。
2、变态反应型(自身免疫型) Wegener肉芽肿即属此型，可分为局限性和全身性两种。主要是血管过敏性炎症所致，除有多发性肉芽肿外，多呈顽固性进行溃疡坏死。可局限为上呼吸道，亦可累及肺和全身各脏器。侵犯肺则呈现多发性结节，常有空洞形成;累及肾则表现局灶性坏死，肾小球肾炎;病变可引起全身性血管损害，在血管中层有纤维渗出物及肉芽组织。Wegener肉芽肿的溃疡坯煞费苦心在体内进行，并累及鼻、上腭、咽、喉、气管、肾、脾、肾上腺和肺等器官，可死于全身衰竭和尿毒症。
