潜伏期5～14天，双眼患病，多发生于儿童或少期。轻的沙眼可以完全无自觉症状或仅有轻微的刺痒，异物感和小量分泌物，重者因后遗症和并发症累及角膜，有怕光、流泪、疼痛等刺激症状，自觉视力减退。
沙眼衣原体主要侵犯睑结膜，最后以瘢痕形成而告终。检查时其特征如下：
1、血及血管模糊：由于血管扩张，结膜上皮下有弥漫性的淋巴细胞及浆细胞等慢性炎细胞浸润，使透明的结膜变得混浊肥厚，血管轮廓不清，呈一片模糊充血状。
2、乳头肥大：睑结膜面粗糙不平，呈现无数的线绒状小点，是由扩张的毛细血管网和上皮增殖而成。
3、滤光增生：是结膜上皮下组织在弥漫性浸润的基础上，由局限的淋巴细胞聚集而成。初发时，上睑结膜出现散在细致的黄白色小点，不突出于结膜表面，夹杂在肥大的乳头之间，为沙眼早期诊断依据之一。
4、角膜血管翳：在结膜发生病变的同时，首先角膜上缘的半月形灰白区血管网充血，发生新生血管，伸入透明的角膜上皮与前弹力层之间，各新生血管之间伴有灰白色点状浸润，是角膜上皮对沙眼衣原体的一种组织反应，称为角膜血管翳。它是沙眼早期诊断的依据之一。随病情进展，血管翳成排向瞳孔区悬垂下来，形似垂帘，当上方血管翳向下越过瞳孔区时，角膜其他方向亦都长出血管翳向中央进行，布满整个角膜。细胞浸润严重时，可形成肥厚的肉样血管翳。(pannus crassus)，严重影响视力。
5、瘢痕形成：当沙眼进行数年甚至数十年，所有炎性病变如滤泡、乳头，将发生破溃或坏死，而逐渐被结缔组织所代替，形成瘢痕，这标志着病变已进入退行期。
沙眼的病程，因感染轻重和是否反复感染有所不同。轻者或无反复感染者，数月可愈，结膜遗留薄瘢或无明显瘢痕。反复感染者，病程可缠绵数年至数十年之久。
潜伏期约为5～12日。通常侵犯双眼。多发生于儿童少年时期。
1、症状
多为急性发病，病人有异物感、畏光、流泪，很多粘液或粘液性分泌物。数周后急性症状消退，进入慢性期，此时可无任何不适或仅觉眼易疲劳。如于此时治愈或自愈，可不留瘢痕。但在慢性病程中，于流行地区，常有重复感染，病情加重。角膜上有活动性血管翳时，刺激症状变为显著，视力减退。晚期常因后遗症，如睑内翻、倒睫、角膜溃疡及眼球干燥等，症状更为明显，并严重影响视力，甚至失明。
2、体征
⑴急性沙眼：呈现急性滤泡结膜炎症状，睑红肿，结膜高度充血，因乳头增生睑结膜粗糙不平，上下穹隆部结膜满面滤泡，合并有弥漫性角膜上皮炎及耳前淋巴结肿大。数周后急性炎症消退，转为慢性期。
⑵慢性沙眼：可因反复感染，病程迁延数年至十多年。充血程度虽减轻，但与皮下组织有弥漫性细胞浸润，结膜显污秽肥厚，同时有乳头增生及滤泡形成(图1)，滤泡大小不等，可显胶样，病变以上穹隆及睑板上缘结膜显著。同样病变亦见于下睑结膜及下穹隆结膜，严重者甚至可侵及半月皱壁。角膜血管翳：它是由角膜缘外正常的毛细血管网，越过角膜缘进入透明角膜，影响视力，并逐渐向瞳孔区发展，伴有细胞浸润及发展为浅的小溃疡，痊愈后可形成角膜小面。细胞浸润严重时可形成肥厚的肉样血管翳(pannus crassus)。
图1 沙眼滤泡
在慢性病程中，结膜的病变逐渐为结缔组织所取代，形成瘢痕。最早出现在上睑结膜的睑板下沟处，呈水平白色条纹，以后逐渐呈网状，待活动性病变完全消退，病变结膜全部成为白色平滑的瘢痕(图2)。
图2 沙眼瘢痕
沙眼的病程和预后，因感染轻重与是否反复感染有所不同。轻者或无反复感染者，数月可愈，结膜遗留薄瘢或无明显瘢痕。反复感染的重症病人，病程可缠绵数年至十多年，慢性病种中，可由其他细菌感染和重复感染时则常呈急性发作。最后广泛结瘢不再具有传染性，但有严重的并发症和后遗症，常使视力减退，甚至失明。
为了防治沙眼和调查研究的需要，对沙眼有很多临床分期的方法。我国1979年全国第二届眼科学术会讨论时，重新制定了沙眼的分期：
Ⅰ期——进行期：即活动期，乳头和滤泡同时并存，上穹隆结膜组织模糊不清，有角膜血管翳。
Ⅱ期——退行期：自瘢痕开始出现至大部变为瘢痕。仅残留少许活动性病变为止。
Ⅲ期——完全结瘢期：活动性病变完全消失，代之以瘢痕，无传染性。
同时还制定了分级的标准：根据活动性病变(乳头和滤泡)占上睑结膜总面积的多少，分为轻(+)、中(++)、重(+++)二级。占1/3面积以下者为(+)，占1/3～2/3者为(++)，占2/3以上者为(+++)。
并确定了角膜血管翳的分级法：将角膜分为四等分，血管翳侵入上1/4以内者为(+)，达到1/4～1/2者为(++)，达到1/3～3/4者为(+++)，超过3/4者为(++++)(图3)。
图3 角膜血管翳
1、正常血管不侵入透明角膜 2、血管翳(+)
3、血管翳(++) 4、血管翳(+++) 5、血管翳(++++)
国际上较为通用者为MacCallan分期法：
Ⅰ期——浸润初期：睑结膜与穹隆结膜充血肥厚，上方尤甚，可有初期滤泡与早期角膜血管翳。
Ⅱ期——活动期：有明显的活动性病变，即乳头、滤泡与角膜血管翳。
Ⅲ期——瘢痕前期：同我国第Ⅱ期。
Ⅳ期——完全结瘢期：同我国第Ⅲ期。
