神经衰弱的临床相以脑功能衰弱症状为重;脑衰弱综合征的临床特征为明显的、持续的情绪失禁或不稳定为主，因此又被称为器质性情绪不稳定障碍，具体的区别，大致如下：
(1)头痛、头昏症状二者相似，但脑衰弱综合征常见眩晕，为前庭功能障碍(缺血引起的);神经衰弱者少见。
(2)肢体麻木、刺痛症状脑衰弱综合征常见，为末梢神经症状;神经衰弱者少见，但可见肢体肌肉疼痛感。
(3)情感障碍表现不同 神经衰弱病人可在病程的很少一部分时间中表现为烦恼、心情紧张不能放松、易激惹等，也可有轻度的焦虑或抑郁症状;脑衰弱综合征病人则表现为明显的、持续的情绪不稳定、情感脆弱、易激惹、焦虑或抑郁症状。
(4)衰弱症状神经衰弱病人自觉脑力迟钝、注意力不集中或不能持久，自觉体力易疲劳，工作及学习效率下降、记忆力下降明显等;脑衰弱综合征病人也有类似症状，二者的区别在于：进行记忆测查时，神经衰弱者在正常范围，而脑衰弱综合征病人常可查出有记忆力下降。在处理日常生活及社交活动时，神经衰弱者虽常常强调自己的记忆下降，却无明显的遗忘现象，而脑衰弱综合征病人常需准备下备忘录来提醒自己，否则就会因为遗忘影响社交活动。
(5)在思维及语言表达方面脑衰弱综合征病人可有明显的思维粘滞，说话哕嗦、无主次、无中心之分(病理性赘述)，思维反应迟钝等现象，而神经衰弱者无类似症状表现。
(6)兴奋症状神经衰弱病人可有精神易兴奋、回忆和联想增多，自觉克制不住、并为之苦恼的症状表现，脑衰弱综合征病人却无类似症状表现。
(7)身体伴随的疾病以及辅助实验室检查方面神经衰弱一般身体无器质性疾病，实验室检查多为正常;脑衰弱综合征病人常常伴随高血压病、冠心病以及糖尿病等躯体疾病，实验室检查常有异常发现，如头CT、MRI、血脂、脑电图、记忆测查等均可见到异常，可作为脑器质性障碍的证据。
