根据典型的临床表现及目检阴道排泄物，诊断霉菌性阴道炎，通常并无困难。但对非典型病例，为了证实诊断，凡疑为带霉菌者，或了解治疗效果，必须作阴道分泌物检查。可直接取阴道分泌物置玻片上，加一小滴等渗氯化钠溶液或10%～20%氢氧化钾溶液，加盖玻片，微加热镜检，红、白细胞及上皮细胞立即溶解，而霉菌即以线样纤维或菌丝体(mycelia)的形式显示，并有微芽或分子孢子(conidia)贴附。但此法可靠性较低(60%)。如取阴道分泌物涂片经革兰染色，镜下可找到成群革兰阳性浓染的卵圆形孢子，或可见到假菌丝与出芽细胞相连成链状或分枝状，容易辨认，可靠性可提高至80%。最可靠的方法是进行霉菌培养。此外，亦要注意相关的诱因，如有应用大剂量甾体激素或广谱抗生素史，及糖尿病患者需做尿糖及血糖检查等。
