肠结核确诊应在肠黏膜组织中证实有结核杆菌的存在。如有下列情况，应考虑肠结核。
1.青壮年患者有肠外结核，尤其是开放性肺结核患者出现消化道症状，或原有病灶好转后又复出现结核的全身表现。
2.临床表现有腹泻、腹痛、右下腹压痛，也可有腹块，原因不明的肠梗阻，伴有发热、盗汗等结核毒血症状。
3.X线钡餐检查发现回盲部有激惹、肠腔狭窄、肠段缩短变形等征象。
4.结核菌素试验强阳性。对高度怀疑肠结核的病例，如抗结核治疗2～6周有效，可做出肠结核的临床诊断。如病变在回肠末段及结肠者，结肠镜检查及活检有助诊断和鉴别诊断。对诊断有困难者，主要是增殖型肠结核，有时需剖腹探查才能确诊。
