性交疼痛通常由较明确的妇科疾病或全身性器质性疾病所致。亦有部分病人以心理因素为主，但在临床上往往器质性疾病与心理因素并存。
1.器质性原因 妇科炎症是性交疼痛的主要原因之一包括外阴炎、阴道炎盆腔炎等外阴炎及其导致的大小阴唇及阴道前庭部的溃疡，可引起严重的性交疼痛，疼痛部位在外阴口及前庭部。急慢性盆腔炎常出现性交动作引起的盆腔深部疼痛和下腹痛炎症轻重不同疼痛程度和持续时间亦不相同。萎缩性阴道炎产生的性交疼痛最为常见，妇女进入围绝经期、绝经后期或手术切除双侧卵巢、药物[如促性腺激素释放激素激动剂(GNRH-a)]导致的体内雌激素水平下降或匮乏均可引起萎缩性阴道炎，其阴道上皮变薄皱褶减少消失，弹力下降，阴道扩张能力不足润滑作用减低等，均可在性交时引起阴道口阴道管以致下腹疼痛放射治疗引起的卵巢功能低下阴道纤维化和缩窄，亦可产生性交疼痛和性交困难1974年美国Abitbol报道75例子宫颈癌单纯放射治疗病人，于放疗后产生性交疼痛和性交困难者占39%。
慢性外阴营养不良和外阴白斑的中晚期，局部皮肤萎缩变薄弹性减低或消失，在性交时往往产生难以避免的顽固的、较剧烈的性交疼痛，并常常于性交后或仅接触阴道口后在阴道口下方，会阴体上端产生浅表裂口触之疼痛不已，愈合缓慢以致拒绝性交或长期停止性生活。慢性外阴营养不良是性交疼痛的重要原因之一。
贝赫切特综合征(白塞病)是一种自身免疫性疾病主要表现为口腔、角膜及外阴溃疡外阴溃疡持续时间较长，多并发感染，性交时可导致阴唇部溃疡剧烈疼痛等。
先天性处女膜肥厚坚韧或产后外伤后会阴裂伤畸形愈合瘢痕较大亦可引起性交疼痛子宫全切术后阴道断端愈合不良，瘢痕质硬亦可在术后近期引起阴道深部冲撞疼痛。
子宫内膜异位症是性交疼痛的常见原因主要为双侧宫骶韧带处有肿物结节增厚使其弹性降低时，表现为盆腔深部疼痛持续时间不等病人往往避免性生活或深部插入。
急慢性尿道炎或绝经后期老年性慢性尿道炎能引起反复的性交时尿道部及下腹部疼痛，往往迁延不断，久治不愈影响健康。
盆腔充血综合征主要因阔韧带部静脉曲张充血所致其性交疼痛呈盆腔深部弥散性持续隐痛。糖尿病、下肢骨骼疾病亦可伴性交疼痛。
2.心理性原因 封建、宗教及传统的性教育，以及创伤性性经历均可引起对性生活的恐惧焦虑及抑制，引起性欲低下，性唤起障碍性交疼痛和阴道痉挛等。夫妻关系不和错误的性行为方式也可引起性交疼痛。当性欲低下性唤起不良时，阴道在正常性反应过程中出现的延长扩张及充分的润滑作用不足在性交时则有不适感或下腹隐痛等。
性交疼痛的产生与配偶关系密切，如体位不当，事前缺乏语言或非语言交流，动作粗暴均可引起性交疼痛相反如果配偶过于忍让，女方稍有不适则缺乏信心而依从、退让则亦可能强化女方疼痛感，引起性交困难。
发病机制：
随着对女性性功能障碍研究的深入，人们逐渐认识到性交疼痛不只是单纯的心理障碍还有其生理及病理基础。激素对女性性功能有重要的调节作用雌二醇水平直接影响中枢及周围神经细胞的功能及神经信号的传导伴随老龄化和绝经期的到来，血雌激素水平下降多数妇女会经历不同程度的性功能变化主要表现为性欲缺乏性活动频率减少性交疼痛，性反应性降低，性高潮困难及生殖器感觉减退等研究表明，非肾上腺素能/非胆碱能(NANC)神经递质一氧化氮(NO)参与女性性反应的生理机制，增加阴道血流润滑及分泌作用;而NANC能神经可能调节阴蒂和阴道平滑肌的舒张。绝经和手术去势或高泌乳血症女性体内雌激素水平降低，可减少阴道一氧化氮合酶(NOS)的表达使阴道NO水平降低，阴道壁纤维化增加引起阴道黏膜细胞凋亡，导致阴道黏膜分泌功能下降阴道润滑不足、干涩;此外，阴道壁纤维化降低了阴道的顺应性舒张反应性交时阴道反应性充血不足，延展性降低，阴茎插入困难导致女性性交疼痛的发生。动物实验显示，雌二醇可加宽阴部神经的触动受体，降低阴部神经区域的感觉阈值对绝经期后的女性补充雌激素可恢复阴蒂及阴道的功能特性并接近于绝经期前的水平雌激素还可通过血管舒张改善阴道、阴蒂和尿道的动脉供血。1966年Masters等首先报道了绝经期妇女发生的与性功能相关的生理变化认识到性功能的改变部分与雌激素水平下降有关与雌二醇低于50pg/ml直接相关补充雌激素可显著改善症状与NO相似NANC神经递质血管活性肽(VIP)可引起血管及非血管平滑肌舒张增加盆腔和阴道的血流及阴道的润滑和分泌作用但有关其调节机制尚不清楚。
女性生殖器特定部位分布有不同的感受器，如触觉小体和纤毛、压力及振动觉小体、痛觉游离末梢温度觉感受小体和多古尔感觉小体等人类阴阜、大阴唇、阴蒂及处女膜分布有丰富的痛觉游离神经末梢外阴感染性疾病时局部炎症反应本身存在红肿热痛等不适释放的痛性炎性介质如前列腺素E(PGE)刺激局部痛觉游离神经末梢使会阴部对痛觉的敏感性增加，性生活时的接触摩擦甚至碰撞无疑会加重局部的疼痛感，而出现女性性交疼痛，表现为烧灼痛刺痛(阴阜大阴唇及阴道口)、牵拉痛(阴蒂)等;此外，炎症时外阴、阴道有组织损伤及表面破溃，炎性分泌物使阴道局部pH增加阴道润滑液性状发生改变，导致阴道润滑不足、干涩，加上性交进一步加重局部损伤引起阴道外阴烧灼痛和涩痛。
Jensen就报道322名外阴阴道感染患者中86%有外阴痛，71%述性交疼痛治疗后66%好转。
慢性盆腔炎性粘连子宫内膜异位症时，阴道后穹隆的痛性结节以及疾病限制了宫颈子宫的上移，降低了阴道的延展性出现性交时和(或)性交后的阴道深部和(或)盆腔局部性或弥漫性牵拉痛或钝性隐痛，并可持续数小时至1天。其疼痛的产生主要因牵拉及性兴奋使盆腔充血引起内脏神经反射及炎症反应所致。
对于心因性性交疼痛而言其发病机制主要为中枢及外周神经系统反射及信息传导或引起神经介质异常释放如因对性交的恐惧或性交时精神高度紧张抑制中枢神经系统功能及信息传导，从而抑制生理性性兴奋的产生，阴道性反应性充血、润滑不够，导致性交疼痛;另外由于妇女对性器官解剖生理缺乏认识加上双方缺乏性生活知识和经验，在女方无性兴奋反应时，阴道未容纳性舒张无滑液分泌，阴茎强行插入过深顶撞子宫颈部及韧带，或引起阴道口及阴道壁的损伤，刺激神经末梢产生或加重疼痛或不适。
阴道痉挛亦称性交恐惧症是患者对阴茎对生殖器产生“伤害”的极度恐惧所致。其实阴道为平滑肌肉性器官，扩张容纳性极大分娩时可容纳胎头娩出可作证明高度的紧张恐惧时会使生殖器肾上腺素能神经介质去甲肾上腺素(NA)释放增加，引起阴道壁平滑肌收缩甚至痉挛，阴道外口环形骨骼肌在阴部神经释放乙酰胆碱(Ach)的作用下也发生痉挛性收缩，妨碍阴茎的顺利插入或已插入的阴茎无法退出产生疼痛。
