性交疼痛通常由较明确的妇科疾病或全身性器质性疾病所致。亦有部分病人以心理因素为主，但在临床上往往器质性疾病与心理因素并存。
1.器质性原因 妇科炎症是性交疼痛的主要原因之一，包括外阴炎、阴道炎、盆腔炎等。外阴炎及其导致的大、小阴唇及阴道前庭部的溃疡，可引起严重的性交疼痛，疼痛部位在外阴口及前庭部。急慢性盆腔炎常出现性交动作引起的盆腔深部疼痛和下腹痛，炎症轻重不同，疼痛程度和持续时间亦不相同。萎缩性阴道炎产生的性交疼痛最为常见，妇女进入围绝经期、绝经后期或手术切除双侧卵巢、药物[如促性腺激素释放激素激动剂(GNRH-a)]导致的体内雌激素水平下降或匮乏均可引起萎缩性阴道炎，其阴道上皮变薄，皱褶减少消失，弹力下降，阴道扩张能力不足，润滑作用减低等，均可在性交时引起阴道口、阴道管以致下腹疼痛。放射治疗引起的卵巢功能低下，阴道纤维化和缩窄，亦可产生性交疼痛和性交困难。1974年美国Abitbol报道75例子宫颈癌单纯放射治疗病人，于放疗后产生性交疼痛和性交困难者占39%。
慢性外阴营养不良和外阴白斑健康搜索的中晚期，局部皮肤萎缩变薄，弹性减低或消失，在性交时往往产生难以避免的、顽固的、较剧烈的性交疼痛，并常常于性交后或仅接触阴道口后在阴道口下方，会阴体上端产生浅表裂口，触之疼痛火罐网不已，愈合缓慢，以致拒绝性交或长期停止性生活。慢性外阴营养不良是性交疼痛的重要原因之一。
贝赫切特综合征(白塞病)是一种自身免疫性疾病，主要表现为口腔、角膜及外阴溃疡。外阴溃疡持续时间较长，多并发感染，性交时可导致阴唇部溃疡剧烈疼痛等。
先天性处女膜肥厚、坚韧或产后，外伤后会阴裂伤畸形愈合健康搜索，瘢痕较大亦可引起性交疼痛。子宫全切术后阴道断端愈合不良，瘢痕质硬健康搜索，亦可在术后近期引起阴道深部冲撞疼痛。
子宫内膜异位症是性交疼痛的常见原因，主要为双侧宫骶韧带处有肿物、结节增厚使其弹性降低时，表现为盆腔深部疼痛，持续时间不等，病人往往避免性生活或深部插入。
急慢性尿道炎或绝经后期老年性慢性尿道炎能引起反复的性交时尿道部及下腹部疼痛，往往迁延不断，久治不愈，影响健康。
盆腔充血综合征主要因阔韧带部静脉曲张充血所致，其性交疼痛呈盆腔深部弥散性持续隐痛。糖尿病、下肢骨骼疾病亦可伴性交疼痛。
2.心理性原因 封建、宗教及传统的性教育，以及创伤性性经历均可引起对性生活的恐惧、焦虑及抑制，引起性欲低下，性唤起障碍、性交疼痛和阴道痉挛等。夫妻关系不和，错误的性行为方式也可引起性交疼痛。当性欲低下，性唤起不良时，阴道在正常性反应过程中出现的延长，扩张及充分的润滑作用不足，在性交时则有不适感或下腹隐痛等。
性交疼痛的产生与配偶关系密切，如体位不当，事前缺乏语言或非语言交流，动作粗暴均可引起性交疼痛。相反，如果配偶过于忍让，女方稍有不适则缺乏信心而依从、退让，则亦可能强化女方疼痛感，引起性交困难。
