1.感染学说 福氏痢疾杆菌、沙门菌、耶尔森菌及弯曲杆菌。另外痢疾流行时本征发病率较高[1]。但与宋内氏痢疾杆菌无关，这提示反应性关节炎与某些特异微生物的某些成分有关。目前已知，除性病外，痢疾杆菌、肺炎支原体、衣原体，贝宗体属原菌，甚至病毒等均与本征有关，尤以福氏痢疾杆菌感染关系更为密切，但到目前为止还没有更多的证据证明本征与感染有直接的关系，因为并非与感染有关的致病者都罹患本征。
2.遗传与免疫学说 因为本征患者有血沉增快，C反应蛋白阳性，IgG、IgA及α2球蛋白增高，而且非细菌性尿道炎或肠炎后可发生无菌性滑膜炎，提示免疫因素在发病机制中具有一定作用。但目前尚未证实本征与系统性红斑狼疮一样有普遍的体液或细胞免疫异常存在，本征关节炎可能不是由抗体或T细胞介导反应引起。最近曾生某些患者滑膜中查到衣原体，或许提示隐藏在关节内的某些细菌成分诱发炎症]。
