本病预后往往相当严重，临床工作中应尽可能防止本病的发生。首先应注意抗生素的使用，避免滥用抗生素减少假膜性肠炎的发病率，尤其是广谱抗生素的使用要有明确的目的，在取得预期的疗效之后应及时停药。要经常向医务人员介绍有关假膜性肠炎的发病动态，防止耐药菌株的滋长。

　　外源性难辨梭状芽孢杆菌可能是医院内的交叉感染，有人从医院的地板、盥洗室的用具，以及护理假膜性肠炎病人的工作人员的手和粪便中检出难辨梭状芽孢杆菌或其芽孢。所以对假膜性肠炎病例要采取必要的隔离措施和环境消毒，防止通过房间、皮肤、医疗器械造成难辨性梭状芽孢杆菌的交叉感染。