在已知医院内念珠菌血症发病率不断增高及其潜在严重性的基础上，提高认识和采取针对性预防措施至关重要。应予减少血管内插管和监护装置的使用频率和留置时间，尤应注意为化疗或其他目的经手术植入的长期留置导管通路。同时，应减少抗生素的使用次数、品种和疗程的持续时间。抗真菌药物现被普遍用于已住院的严重疾病患者，特别是颗粒细胞减少者，以预防念珠菌感染。虽然最常用的氟康唑对接受骨髓移植者的应用，较用于急性白血病更为有益，但对延长存活期尚无定论。而且，广泛或不加考虑地以口服咪唑类药物用作预防，并不能达到防止天然耐药致病性真菌(曲霉菌属菌种，毛霉菌目，镰孢霉属菌种，克鲁斯念珠菌和格拉布勒他念珠菌)感染的目的，并可能产生新的耐药菌株，且不符合价格-效益原则。