从痰液或经纤支镜刷取物以及支气管灌洗液的镜检和病原体培养，活检肺组织以及血清学检查等有助于辨明感染的病原体。

　　（一）细菌性肺炎

　　1、需氧革兰染色阳性球菌，如肺炎链球菌（即肺炎球菌）、金黄色葡萄球菌、甲型溶血性链球菌等。
　　2、需氧革兰染色阴性菌，如肺炎克雷白杆菌、流感嗜血杆菌、埃希大肠杆菌、绿脓杆菌等。
　　3、厌氧杆菌如棒状杆菌、梭形杆菌等。

　　（二）病毒性肺炎 如腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、 麻疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。

　　（三）支原体肺炎 由肺炎支气体引起。

　　（四）真菌性肺炎 如白色念珠菌、曲菌、放线菌等。

　　（五）其他病原体所致肺炎 如立克次体（如Q热立克次体）、衣原体（如鹦鹉热衣原体）、弓形体（如鼠弓形体）、原虫（如卡氐肺孢子虫）、寄生虫（如肺包虫、肺吸虫、肺血吸虫）等。机体免疫力低下者（如艾滋病患者）容易伴发肺部卡氏肺包子虫、军团菌、鸟形分支杆菌、结核菌、弓形体等感染。