主要是角膜并发症。慢性结膜炎一般不发生角膜并发症，但金黄色葡萄球菌引起的角膜并发症也并非少见，细菌的外毒素常引起下方角膜上皮的点状角膜炎，严重者点状上皮病变可遍布全角膜。边缘性角膜炎也时有发生，通常在4点和8点方位的角膜缘出现浸润和溃疡，相应角膜缘充血;边缘性角膜炎的发生是由金黄色葡萄球菌细胞壁的代谢产物和细菌外毒素引起超敏反应;对细胞壁抗原的超敏反应，亦偶可引起泡性角膜炎。莫拉菌感染也可并发点状角膜炎，上皮下浸润，邻近外眦部的结节性巩膜炎。