阴道腺癌的病因尚未明了。阴道本身无腺体，阴道腺癌可来自残余的中肾管、副中肾管及阴道的子宫异位内膜组织。

　　人类在妊娠晚期胎儿阴道发育成熟。在怀孕时使用己烯雌酚对胎儿生殖道有一定的影响。己烯雌酚使阴道的腺上皮存留导致阴道腺病。母亲在怀孕早期使用己烯雌酚的女性发生阴道透明细胞癌增高的原因部分是因为阴道有大面积的异位腺上皮，阴道透明细胞癌与阴道腺病的输卵管内膜细胞有关。

　　母亲在怀孕早期使用己烯雌酚的女性阴道输卵管内膜型上皮面积增大，增加了与不明原因的辅致癌物质作用的机会，这些女性在初潮后体内的雌激素作为启动因子促使癌的发生。母亲使用己烯雌酚后通过子宫胎盘屏障进入胎儿体内，在妊娠早期胎儿的阴道已有雌激素受体发育。己烯雌酚不是甾体激素，它不能在胎儿体内像甾体雌激素一样被代谢，因此，会影响胎儿阴道的发育。